考虑到着陆区环境不可预测的地质特性，嫦娥六号的表取装置和钻取装置完全独立，显著降低了采样封装失败的概率。因为采取到的月球样品存在差异，也对钻取月球样品与表取月球样品分立式初级封装，确保钻取和表取样本不混杂。密封圈采用金属挤压密封为主、橡胶圈密封为辅的方案，综合漏率为3.6×10-10 Pa·m3/s，远低于密封漏率指标的5×10-9 Pa·m3/s。
科学载荷方面，嫦娥六号携带有4台国内仪器、3台国外仪器，全部位于着陆器上。由于嫦娥六号的热控管路主系统位于上升器内，上升器飞离后热控管路随即被切断，因此上升器起飞后这些仪器将失去热控，停止运行。 国内的LCAM降落相机为嫦娥六号动力下降提供图像，PACM全景相机在着陆后提供着陆点的月球全景图像，LMS月球矿物光谱分析仪和LRPR月壤结构探测仪将为月面采样服务，其中LRPR可以探测着陆点下方2米的月壤，为探测器钻取月壤提供数据支持。法国DORN氡气探测仪将探测月壤中铀衰变产生的氡气。这是人类首次在月球表面测量氡气浓度的科学实验，同时测量氡衰变形成的钋元素来研究月尘的散布和沉积。欧空局NILS负离子探测仪则是人类首台不运行在近地轨道附近的负离子探测仪，旨在检测由于与太阳风相互作用而从月球表面发射的负离子，并确定其通量的上限。 嫦娥六号还携带了一枚上海交通大学为巴基斯坦开发的3U立方星——ICUBE-Q，也叫“思源一号”，以探测月球表面水冰存在过的痕迹。卫星将在嫦娥六号进入环月轨道后分离。这是首次嫦娥系列月球探测器携带并在月球轨道释放的小卫星，也代表着我国探月工程和外国形成了更紧密、充分的合作。
嫦娥六号是人类目前最复杂的无人月球任务，一旦成功从阿波罗撞击坑南侧取回样本，将同时扩展我们对月球演化和太阳系起源的认识。作为探月四期的首次正式着陆任务，它也将嫦娥工程从工程先导逐步转向科学先导，通过几次重要任务以探索月球最核心的问题，再逐步发展为月球南极科研站（ILRS）和未来的嫦娥9、10号任务等，让我们更好的理解这颗距离我们最近的天体。 |
